Penyakit Vibriosis

Laporan Praktikum ke-5                     Hari/ tanggal   : Selasa/ 15 November 2011

m.k Penyakit Organisme Akuatik       Kelompok       : III

                                                            Asisten            : Siti Khodijjah

                                                                                      damayanti

                                                                                      Dwi Febriyanti

                                                                                      Fariq Azhar

                                                                                      Ghita Ryan S.

                                                                                      Nurlita Annisa Sari

                                                                                      Rahman

                                                                                      Ridha Nugraha

                                                                                      Ririn Nurul F.

                                                                                      Shavika Miranti

                                                                                      Trian Rizki

Deteksi Cepat Vibriosis (dengan target : gen penyandi 16s-rRNA) dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)

Oleh:

Ita Apriani

C14090019

DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

2011

I.                   PENDAHULUAN

1.1              Latar Belakang

            Kegiatan perikanan di Indonesia terbagi menjadi dua bagian yaitu perikanan tangkap dan perikanan budidaya. Perikanan budidaya memiliki beberapa daerah bagian terdasarkan kadar salinitas, diantaranya budidaya air tawar, budidaya air laut dan budidaya air payau/tambak. Komoditas yang dapat dibudidayakan dalam tambak adalah jenis kekerangan, rumput laut, bandeng dan udang. Jenis udang yang populer dibudidayakan adalah udang vanamei (Leptopanaeus vanamei) dan udang windu (Panaeus monodon).

            Industri budidaya udang tidak selamanya berjalan lancar, beberapa faktor yang menjadi kendala dalam budidaya udang yaitu, lingkungan, pakan dan penyakit. Penyakit yang timbul dapat disebabkan oleh virus, parasit, jamur, dan bakteri. Bakteri patogen yang dapat menyebabkan penyakit salah satunya adalah spesies Vibrio berpendar seperti Vibrio cholera, V. fischeri, V. harveyi, V. logei, V. splendidus dan V. mediterranei.

            Udang yang terserang penyakit dapat dideteksi melalui pengamatan langsung dari gejala klinis yang muncul dan dapat juga melalui analisa laboratorium. Pendeteksian melalui analisa laboratorium dapat dilakukan dengan cara isolasi dan identifikasi, namun untuk memperoleh hasil secara cepat dapat menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Diagnosa penyakit dengan metode PCR memberikan kepercayaan yang tinggi terhadap sensitivitas, spesifitas, kecepatan deteksi, serta kesederhanaan dalam proses pengerjaan. Namun, metode ini memerlukan peralatan modern dan bahan (reagen-reagen) yang cukup mahal, sehingga keterampilan dari operator harus dilatih supaya menghemat bahan, terampil dalam menggunakan peralatan serta menghemat waktu dalam proses pengerjaannya. Oleh karena itu, dilakukan praktikum ini untuk melatih kertampilan mahasiswa dalam mendeteksi penyakit vibriosis dengan menggunakan metode PCR.

1.2              Tujuan

            Mempelajari cara penggunaan alat mikropipet dan sentrifuse, teknik dan isolasi DNA, cara bekerja secara aseptis biokimia, cara bekerja supaya tidak menimbulkan kontaminasi silang, proses preparasi dengan teknik PCR, cara setting alat PCR, cara pembuatan dan preparasi gel agarosa, cara setting  peralatan elektroforesis, cara loading sampel, dan cara pengambilan gambar gel agarosa, serta memahami prinsip mobilisasi (pergerakan) DNA dalam elektroforesis.

II.                METODOLOGI

2.1              Waktu dan Tempat

            Praktikum ini dilaksanakan pada hari Selasa, tanggal 1 November 2011 dilakukan ekstraksi DNA di R. Gam pada pukul 07.00 – 10.00 WIB. Sedangkan pada tanggal 8 November 2011 dilakuakan penggandaan (amplifikasi) DNA dengan PCR dan deteksi hasil amplifikasi dengan metode elektroforesis gel agarosa di R.Gam dan laboratorium PBI, Departemen Budidaya Perairan, fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.

2.2              Alat dan Bahan

            Alat yang digunakan dalam praktikum adalah mikropipet, tabung eppendorf, vortex, sentrifuse, tabung PCR, alat PCR (thermo cycler), sumber listrik, power suplay , bak elektroforesis, peralatan untuk mencetak gel, perangkat untuk visualisasi gel (UV transiluminator dan kamera). Sedangkan bahan yang digunakan adalah 50 mg sampel kaki renang dan insang udang, buffer TE, buffer lisis, proteinase-K, SDS, enzim RNAse, PCIA (phenol chloroform isoamyl alcohol), ethanol absolute, ddH20, primer F, primer R, dNTP, buffer, taqpol, MgCl2, buffer elektroforesis, marker DNA, marker DNA, serbuk agarose, dan larutan 1xTBE.

2.3              Prosedur Kerja

2.3.1        Ekstraksi DNA

            Kaki renang dan insang udang dipotong, kemudian dimasukan dalam tabung eppendorf dan digerus sampai hancur. Kemudian ditambahkan 250 buffer TE, 500 µl buffer lysis, 20 µl proteinase-K, dan 40 µl SDS 10%. Lalu diinkubasi pada suhu 55^oC selama 1-3 jam. Kemudian ditambahkan 12,5 µl RNAse dan simpan pada suhu ruang selama 15-30 menit. Setelah itu, ditambahkan phenol : chloroform : isoamyl alcohol (PCIA 25 : 24 : 1) kemudian divortex secara perlahan sampai homogen, lalu disimpan pada suhu ruang selama 10 menit. Setelah itu disentrifuse dengan kecepatan 13.00 rpm selama 8 menit. Kemudian diambil lapisan paling atas dan dipidahkan ke tabung eppendorf yang baru. Kemudian ditambahkan 100 µl chloroform isoamyl alcohol (CIA), dan disentrifuse dengan kecepatan 13.000 rpm selama 4 menit. Sebanyak 50 µl lapisan paling atas diambil dan dipindahkan ke tabung eppendorf baru, kemudian ditambahkan 100 µl ethanol absolute dingin dan dicampur sampai homogen. Langkah selanjutnya disentrifuse dengan kecepatan 6000 rpm selama 30 menit. Kemudian cairan dibuang dan pellet DNA dicuci dengan 1 ml etanol 70%, lalu disentrifuse lagi dengan kecepatan 6000 rpm selama 15 menit, tahap terakhir pellet DNA dikeringanginkan dan ditambah 100 µl buffer TE dan disimpan pada suhu -20^oC.

2.3.2        Penggandaan (amplifikasi) DNA dengan PCR

            Pada tahap amplifikasi ini terlebih dahulu dibuat master mix (MM) yang terdiri dari campuran 181,2 µl ddH₂O, 12 µl primer F, 12 µl primer R, 30 µl dNTP, 30 µ buffer, 2,4 µl taqpol, dan 24 µl MgCl2. Kemudian disiapkan 12 buah tabung PCR dan diberi kode, lalu didistribusikan MM ke dalam tabung tersebut dengan volume masing-masing 24,5 µl/tabung. Tahap akhit teplete dimasukan yaitu ekstrak DNA ke dalam masing-masing tabung PCR sebanyak 0,5 µl. lalu tabung eppendorf dimasukan kedalam mesin PCR dan diatur program sesuai suhu reaksi untuk primer 16s-rRNA yang terdiri dari beberapa tahap yaitu predenaturasi pada suhu 94^oC selama 2 menit 20 detik, tahap denaturasi pada suhu 94 ^oC selama 15 detik, tahap annealing pada suhu 50 ^oC selama 30 detik, tahap ekstensi pada suhu 72 ^oC selama 1 menit 30 detik, tahap final ekstensi 72 ^oC selama 10 menit dan finishing pada suhu 10 ^oC selama 10 menit.

2.3.3        Elektroforesis

            Sebelum elektroforesis, terlebih dahulu dibuat gel agarosa. Gel agarosa dibuat dengan cara serbuk agarosa dilarutkan dalam 1xTBE kemudian dipanaskan dalam microwave / hot plate selama 1,5 menit atau larutan sampai mendidih dan menjadi bening. Larutan dibiarkan sampai hangat, kemudian larutan dituangkan kedalam cetakan yang dilengkapi sisir/ comb sebagai cetakan sumur. Gel dibiarkan membeku, kemudian dimasukan ke dalam bak elektroforesis yan telah berisi larutan buffer elektroforesis (1xTBE atau 1xTAE). Pada tahap elektroforesis, sejumlah sampel DNA yang akan di cek dicampur dengan 2-5 µl loading dye yang mengandung bahan pemberat DNA dan pewarna (Bromphenol blue, xylene cytol, glycerol, EDTA). Kemudian campuran tersebt dimasukan ke dalam sumur-sumur elektroforesis dan 1 sumur disiapkan untuk marker DNA. Bak elektroforesis ditutup dan listrik dialirkan dengan tegangan 250 volt dan kuat arus 80 – 100 mA. Setelah DNA bermigrasi dari kutub negative ke kutub positif mencapai ¾ bagian dari panjang gel, maka proses elektroforesis dapat dihentikan. Kemudian gel diangkat dari bak elektroforesis dan dilepaskan dari cetakan untuk selanjutnya diamati dengan menggunakan ultraviolet transluminator dengan panjang gelombang pendek 280 nm.

III.             PEMBAHASAN

3.1              Hasil

            Berdasarkan praktikum yang telah dilakuakn diperoleh hasil sebagai berikut :

Gambar 1.

3.2              Pembahasan

enyakit vibriosis disebabkan oleh infeksi bakteri Vibrio Sp. Vibrio harveyi adalah spesies bakteri penyebab penyakit kunang-kunang (luminescent vibriosis) pada larva udang windu (Penaeus monodon Fabr)[1,2]. Udang windu pada fase zoea paling rentan terhadap serangan bakteri V. Harveyi.

-          Karakteristik

Beberapa karakteristik dari bakteri ini yaitu, dua kelompok bakteri penyebab penyakitserius pada tahap berbeda dari pertumbuhan budidaya udang yang mencakup Leucothrix spdan beberapa jenis Vibrio (Lavilla-Pitogo, 1995). Bakteri Vibrio adalah salah satu dari faktor  pathogenic, yang menyebabkan kematian tinggi antar jenis dari udang dan ikan laut yangdibudidaya di Thailand (Ruangpan dan Kitao, 1991). Vibriosis, penyakit yang menyebabkankerugian serius pada usaha pembenihan udang. Larval udang sangat sensitif pada Vibrioharveyi, yang menyebabkan gejala luminescent dari penyakit bakterial (Lavilla-Pitogo et al.1990). Penyakit ini diketahui sebagai masalah utama di Phillipines, menyebabkan hilangnya juvenil udang di beberapa hatcheries (Lavilla-Pitogo et al. 1992). Pada beberapa tahunterakhir, penyakit udang yang ditemukan di Vietnam yaitu vibriosis telah menyerang padalarva dan broodstock udang (Tho dan Khang, 1990). Secara umum, penyakit bacterial udang belum banyak diteliti secara mendalam di Vietnam. Sebanyak 50 jenis yang diisolasi, terdiridari Vibrio spp yang bersifat gram negatif, oxidase-positive, glucose-fermenting dan berkembangbiak pada Medium Vibrio seperti TCBS agar. Vibrios yang diisolasi dari kulitartemia yang dibudidayakan yang sakit dan sehat dari larva udang air tawar (M. rosenbergii).

-          Gejala klinis

Tanda vibriosis adalah serupa pada banyak penyakit bakterial ikan lainnya. Gejalaumumnya dimulai dengan kelesuan dan hilangnya selera makan. Penyakit vibriosis jugaditandai dengan kulit menjadi buram (discolored), merah dan necrotic (mati), sakit sepertimelepuh dapat terlihat pada permukaan tubuh, adakalanya pecah pada permukaan kulitmenghasilkan luka terbuka. Bintik-bintik darah (Erythema) umum terjadi di sekitar sirip danmulut. Ketika penyakit menjadi systemic, dapat menyebabkan exopthalmia ("pop-eye"), dansaluran usus dan dubur menjadi berdarah dan terisi dengan cairan. semua gejala ini dapatdisebabkan oleh penyakit bakterial lainnya, dan bukan hanya oleh Infeksi Vibrio. (Reed P. Aand Floyd R.F., 1994)

-                    Diagnose

Infeksi Vibrio dicurigai merupakan riwayat penyakit ikan tertentu yang diberi tandaklinis, sesuai dengan hasil diagnosa tetapi tetap diperlukan isoalasi bakteri danidentifikasinya. Jika tidak, ikan sakit harus dikirimkan ke laboratorium diagnostik penyakitikan untuk mengkonfirmasikan infeksi tersebut, mengidentifikasi jenis Vibrio, danmelaksanakan perlakuan sensifitas zat antibiotik.Untuk mengindentifikasi jenis vibrio yang menyerang maka bakteri yang diisolasitersebut dilakukan kultur, Vibrio spp menyukai darah yang dilengkapi dengan 3% garam,media diperkaya dengan agar trypticase kedelai dengan 5% ovine darah cukup untuk awalisolasi. Vibrio spp. dapat dibedakan dari bakteri berhubungan erat oleh kepekaan spesifiknyaterhadap Novobiocin 0/129 dan, dua agen vibriostatic tersedia. Di samping itu, yang unik adalah "comma-shape" (bentuk koma) dari bakteri Vibrio, pengujian mikroskopik dari jaringan yang terinfeksi tidak bisa menggunakan tempat kultur dan teknik isolasi. (Reed P. Aand Floyd R.F., 1994)

-          PCR

Berikut adalah tiga tahap bekerjanya PCR  (Polimerase Chain Reaction) dlm satu siklus:
1. Tahap peleburan/melting/denaturasi PCR  (Polimerase Chain Reaction). Tahap ini b’langsung pd suhu tinggi, 94–96°C, ikatan hidrogen DNA t’putus (denaturasi) & DNA menjadi berberkas tunggal. Biasanya pd tahap awal PCR  (Polimerase Chain Reaction), tahap ini dilakukan agak lama (sampai 5 menit) utk memastikan semua berkas DNA terpisah. Pemisahan ini menyebabkan DNA tdk stabil & siap menjadi templat (“patokan”) bagi primer. Durasi tahap ini 1–2 menit.
2. Tahap penempelan/annealing PCR  (Polimerase Chain Reaction). Primer menempel pd bagian DNA templat yg komplementer urutan basanya. Ini dilakukan pd suhu antara 45–60°C. Penempelan ini bersifat spesifik. Suhu yg tdk tepat menyebabkan tdk terjadinya penempelan atau primer menempel di sembarang tempat. Durasi tahap ini 1–2 menit.
3. Tahap pemanjangan/elongasi PCR  (Polimerase Chain Reaction). Suhu untuk proses ini tergantung dari jenis DNA-polimerase (P pada gambar) yg dipakai. Dengan Taq-polimerase, proses ini biasanya dilakukan pada suhu 76°C. Durasi tahap ini biasanya 1 menit.

http://www.artikelkimia.info/tahapan-proses-pcr-polimerase-chain-reaction-29000220092011 (tahap PCR)

-          PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida. Primer yang digunakan sebagai pembatas daerah yang diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya komplemen dengan DNA templatnya. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA secara in vivo yang bersifat semi konservatif.
PCR memungkinkan adanya perbanyakan DNA antara dua primer, hanya di dalam tabung reaksi, tanpa perlu memasukkannya ke dalam sel (in vivo). Pada proses PCR dibutuhkan DNA untai ganda yang berfungsi sebagai cetakan (templat) yang mengandung DNA-target (yang akan di amplifikasi) untuk pembentukan molekul DNA baru, enzim DNA polimerase, deoksinukleosida trifosfat (dNTP), dan sepasang primer oligonukleotida. Pada kondisi tertentu, kedua primer akan mengenali dan berikatan dengan untaian DNA komplemennya yang terletak pada awal dan akhir fragmen DNA target, sehingga kedua primer tersebut akan menyediakan gugus hidroksil bebas pada karbon 3’. Setelah kedua primer menempel pada DNA templat, DNA polimerase mengkatalisis proses pemanjangan kedua primer dengan menambahkan nukleotida yang komplemen dengan urutan nukleotida templat. DNA polimerase mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara OH pada karbon 3’ dengan gugus 5’ fosfat dNTP yang ditambahkan. Sehingga proses penambahan dNTP yang dikatalisis oleh enzim DNA polimerase ini berlangsung dengan arah 5’→3’ dan disebut reaksi polimerisasi. Enzim DNA polimerase hanya akan menambahkan dNTP yang komplemen dengan nukleotida yang terdapat pada rantai DNA templat.
PCR melibatkan banyak siklus yang masing-masing terdiri dari tiga tahap berurutan, yaitu pemisahan (denaturasi) rantai DNA templat, penempelan (annealing) pasangan primer pada DNA target dan pemanjangan (extension) primer atau reaksi polimerisasi yang dikatalisis oleh DNA polimerase.
PCR merupakan suatu teknik perbanyakan molekul DNA dengan ukuran tertentu secara enzimatik melalui mekanisme perubahan suhu. Secara ringkas, prinsip PCR dapat dijelaskan sebagai berikut. Pada suhu 94-95oC, DNA mengalami denaturasi (pembelahan untai ganda menjadi untai tunggal). Waktu yang diperlukan untuk proses ini sekitar 30 detik pada suhu 95oC atau 15 detik pada suhu 97oC. Apabila DNA target mengandung banyak nukleotida G/C, suhu denaturasi dapat ditingkatkan. Denaturasi yang tidak lengkap akan menyebabkan renaturasi secara cepat, sedangkan waktu denaturasi yang terlalu lama dapat mempengaruhi enzim taq polymerase. Hal ini sangat berpengaruh terhadap keberhasilan proses PCR. Umumnya sebelum proses siklus PCR dimulai sering kali dilakukan pre denaturasi selama 3-5 menit, untuk menyakinkan bahwa molekul DNA target yang ingin dilipatgandakan jumlahnya benar-benar terdenaturasi.
1.2. Tahapan PCR
Denaturasi
Selama proses denaturasi, DNA untai ganda akan membuka menjadi dua untai tunggal. Hal ini disebabkan karena suhu denaturasi yang tinggi menyebabkan putusnya ikatan hidrogen diantara basa-basa yang komplemen. Pada tahap ini, seluruh reaksi enzim tidak berjalan, misalnya reaksi polimerisasi pada siklus yang sebelumnya. Denaturasi biasanya dilakukan antara suhu 90 oC – 95 oC.

Penempelan primer
Pada tahap penempelan primer (annealing), primer akan menuju daerah yang spesifik yang komplemen dengan urutan primer. Pada proses annealing ini, ikatan hidrogen akan terbentuk antara primer dengan urutan komplemen pada templat. Proses ini biasanya dilakukan pada suhu 50oC – 60oC. Selanjutnya, DNA polymerase akan berikatan sehingga ikatan hidrogen tersebut akan menjadi sangat kuat dan tidak akan putus kembali apabila dilakukan reaksi polimerisasi selanjutnya, misalnya pada 72 oC.

Reaksi polimerisasi (extension)
Umumnya, reaksi polimerisasi atau perpanjangan rantai ini, terjadi pada suhu 72oC. Primer yang telah menempel tadi akan mengalami perpanjangan pada sisi 3’nya dengan penambahan dNTP yang komplemen dengan templat oleh DNA polimerase.

Jika siklus dilakukan berulang-ulang maka daerah yang dibatasi oleh dua primer akan di amplifikasi secara eksponensial (disebut amplikon yang berupa untai ganda), sehingga mencapai jumlah copy yang dapat dirumuskan dengan (2n)x. Dimana n adalah jumlah siklus dan x adalah jumlah awal molekul DNA. Jadi, seandainya ada 1 copy DNA sebelum siklus berlangsung, setelah satu siklus, akan menjadi 2 copy, sesudah 2 siklus akan menjadi 4, sesudah 3 siklus akan menjadi 8 kopi dan seterusnya. Sehingga perubahan ini akan berlangsung secara eksponensial. PCR dengan menggunakan enzim Taq DNA polimerase pada akhir dari setiap siklus akan menyebabkan penambahan satu nukleotida A pada ujung 3’ dari potongan DNA yang dihasilkan. Sehingga nantinya produk PCR ini dapat di kloning dengan menggunakan vektor yang ditambahkan nukleotida T pada ujung-ujung 5’-nya. Proses PCR dilakukan menggunakan suatu alat yang disebut thermocycler.

http://id.shvoong.com/exact-sciences/bioengineering-and-biotechnology/2040144-polymerase-chain-reaction-pcr/ (Polymerase CHAIN REACTION (PCR) 2010.

Isolasi Plasmid, Quantifikasi DNA dan Analisis Kualitatif, Elektroforesis

June 19th, 2010 | Author: sril07

Escharichia coli merupakan salah satu contoh bakteri yang digunakan pada percobaan isolasi plasmid ini. Bakteri ini sering digunakan dalam transformasi gen dan lebih dikenal dengan istilah kloning gen. Selain dalam bakteri, plasmid juga terdapat dalam Saccharomyces cerevisiae. Dalam teknik rekayasa genetika, plasmid biasanya digunakan sebagai vektor untuk kloning. Plasmid dapat dipindahkan antar sel bakteri dengan cara konjugasi atau transformasi. Dalam hal ini, plasmid digunakan sebagai pembawa fragmen DNA asing. Dengan kata lain, plasmid dikombinasikan dengan DNA asing sehingga untuk mengetahuinya dilakukan beberapa percobaan.
Pada saat percobaan terdapat beberapa larutan yang dipakai untuk mengisolasi plasmid sampai elektroforesis. Proses isolasi plasmid, endapan bakteri disuspensi menggunakan larutan EDTA. Hal ini disebabkan larutan EDTA berfungsi sebagai larutan buffer dan sebagai pengkelat yang dapat mengikat ikatan kation sehingga dapat menurunkan tegangan. Endapan yang telah tersuspensi diberi larutan NaOH dan SDS. Tujuan pemberian larutan ini untuk melisiskan bakteri dan menaikkan pHnya. Setelah lisis bakteri diberi larutan sodium asetat yang berfungsi untuk menetralisasi serta menurunkan pH. Selain ketiga larutan tersebut, cairan DNA plasmid diekstrak dengan larutan PCI (Fenol/Kloroform/Isoamil alcohol) dan diberi etanol 70% untuk menghilangkan kandungan garamnya. Pada proses elektroforesis, DNA yang akan dimigrasikan dicampur dengan larutan loading dye dan blue bromophenol. Hal ini untuk menandai laju migrasi DNA dan sebagai larutan pewarna.
Ukuran DNA dapat dilihat dari jarak pita yang muncul pada sumur ketika dielektroforesis. Kerusakan DNA ditandai oleh pita smear pada hasil elektroforesis. Tidak dapatnya DNA dipotong dengan enzim restriksi terlihat dari terbentuk tidaknya pita smear hasil elektroforesis setelah DNA dipotong dengan enzim restriksi EcoRI. EcoRI menghasilkan pita DNA smear ketika dielektroforesis karena enzim ini termasuk ke dalam frequent cutter (Vos et al. 1995). Hasil percobaan kelompok 3 dan kelompok 9 menunjukkan bahwa hasil pemotong DNA nya tidak berhasil karena pita DNA hasil elektriforesis tidak terbentuk. Berdasarkan teori diatas, hal ini terjadi karena DNA tidak dapat dipotong dengan enzim restriksi EcoRI. Pada kelomok 6, pita DNA yang terbentuk tampak tidak jelas dan membentuk suatu garis vertikal yang berpendar. Hal ini kemungkinan cairan DNA yang akan dielektroforesis kotor sehingga pada saat migrasi kotorannya ikut masuk dan membentuk garis vertikal. Sedangkan pita DNA kelompok lainnya menunjukkan hasil yang baik.
Untuk melihat uji kualitas DNA genom dapat dilihat dari besarnya ukuran pita yang ditandai dengan terlihatnya pita yang menyala terang hasil elektroforesis. Dari hasil gambar terlihat pita yang menyala terang dan berukuran besar ditunjukkan oleh kelompok 8, sedangkan pita pada kelompok lain menghasilkan gambar yang sama. Pada hasil uji analisis kuantitas dan kualitas DNA dengan menggunakan spektrofotometer menunjukkan bahwa kemurnian DNA tidak mencapai hingga 100%. Hal ini karena  rasio A₂₆₀/A₂₈₀ berkisar berkisar 1.10-1.18, sedangkan menurut literatur yang diperoleh kemurnaian DNA akan tercapai 100% bila rasio A₂₆₀/A₂₈₀ berkisar 1.8-2.0 (Sambrook et al. 1989). Dengan demikian kemurnain DNA hasil percobaan ini dapat dikatakan tidak berhasil karena kisaran kemurnian DNA yang dihasilkan tidak memenuhi syarat, yaitu berkisar 1.10-1.18.
Visualisasi elektroforesis pada tingkat konsentrasi dapat dilihat dari tebal tidaknya pita yang terbentuk. Semakin tinggi konsentrasi DNA, maka semakin tebal pita yang dihasilkan, dan semakin rendah konsentrasi DNA akan semakin tipis pita yang terbentuk. Hasil percobaan menunjukkan, nilai konsentrasi DNA yang paling tinggi terdapat pada kelompok 1 sebesar 19800 ng/ μl. Namun dengan demikian, hasil percobaan ini dapat dikatakan berhasil karena pita DNA yang terbentuk mencapai 75%.

http://sril07.student.ipb.ac.id/2010/06/19/isolasi-plasmid-quantifikasi-dna-dan-analisis-kualitatif-elektroforesis/